- 5 de ene Nagakura Shinpachi, capitán de la segunda tropa del Shinsengumi.
- 12 de feb Émile Waldteufel, compositor francés (n. 1837).
- 17 de feb Francisco Giner de los Ríos, filósofo y pedagogo español (n. 1839).
- 21 de mar Frederick Winslow Taylor, ingeniero y economista estadounidense (n. 1856).
- 14 de abr Luis Coloma, escritor y periodista español.
- 27 de abr Alexander Scriabin, compositor ruso.
- 2 de may Clara Immerwahr, química alemana.
- 9 de may François Faber, ciclista luxemburgués.
- 2 de jun Eugenio Aguirre Benavides, militar mexicano (n. 1884).
- 5 de jun Henri Gaudier-Brzeska, escultor francés.
- 15 de jun Eugène Jansson, pintor sueco (n. 1862).
- 28 de jun Guillermo Billinghurst Angulo, político, empresario y periodista peruano (n. 1851).
- 2 de jul Porfirio Díaz, político mexicano (n. 1830).
- 9 de jul Saturnino Calleja, editor español (n. 1853).
- 16 de jul Ellen G. White, escritor estadounidense (n. 1827).
- 22 de jul Sir Sandford Fleming, ingeniero e inventor canadiense de origen británico.
- 28 de jul Francisco Needham, 3er Conde de Kilmorey (n. 1842).
- 10 de ago Henry Moseley, físico inglés (n. 1887).
- 19 de ago Carlos Juan Finlay, médico e investigador cubano (n. 1833).
- 20 de ago Paul Ehrlich, bacteriólogo alemán, Premio Nobel de Medicina en 1908 (n. 1854).
- 26 de ago John Bunny, comediante estadounidense (n. 1863).
- 30 de ago Pascual Orozco, revolucionario mexicano.
- 11 de sep William Cornelius Van Horne, ejecutivo ferrovial canadiense (n. 1843).
- 17 de sep Remy de Gourmont, novelista, crítico de arte y periodista francés.
- 23 de sep Frederick Hamilton Davey, botánico inglés (n. 1868).
- 27 de sep Remy de Gourmont, poeta francés (n. 1858).
- 28 de sep Saitō Hajime, capitán de la 3ª tropa del Shinsengumi, falleció bajo el nombre de Goro Fujita (n. 1844).
- 4 de oct Karl Staaff, político sueco.
- 12 de oct Edith Cavell, enfermera británica (n. 1865).
- 19 de oct Benito Gómez Farías, político mexicano (n. 1828).
- 19 de oct Christian Wilhelm Allers, pintor alemán (n. 1857).
- 19 de oct Juana Catalina Romero, aristócrata mexicana (n. 1837).
- 21 de oct Luis Adaro, ingeniero español (n. 1849).
- 23 de oct W. G. Grace, jugador británico de críquet (n. 1848).
- 24 de oct Désiré Charnay, explorador y fotógrafo francés.
- 24 de oct Luis Guanella, sacerdote italiano.
- 4 de nov Tomás Meabe, político y escritor español.
- 14 de nov Booker T. Washington, educador estadounidense.
- 14 de nov Theodor Leschetizki, pianista y compositor polaco (n. 1830).
- 27 de nov Charles René Zeiller, botánico francés (n. 1847).
- 29 de nov Luigi Capuana, escritor italiano.
- 19 de dic Alois Alzheimer, neurólogo alemán (n. 1864).
- 27 de dic Juan Menéndez Pidal, poeta y folclorista español.